作为丰田MR2系列的终究一代车型，代号ZZW30的MR-S于1999年问世。这款车回归驾驭趣味的实质，摒弃了涡轮增压发动机，将整车分量控制在1000kg以内。虽然价格更为亲民，但MR-S未能赶上最佳时机，在坚持了八年后不得不停产。

  早在1995年东京车展上，丰田就展出了名为MRJ的概念车，其时被视为第二代MR2的继任者。但是，因为正值SUV鼓起的年代，加上日本经济泡沫化的影响，丰田对新车开发的积极性较低。直到1999年，MR-S才正式问世。这款车从双门双座规划改为敞篷方式，在车身尺度、机械结构、功能和价格等方面都较上一代更为精简，但仍然坚持了中置引擎后轮驱动的规划，带来超卓的驾驭趣味。车身尺度为3885×1695×1235mm，轴距2450mm。造型比第二代更为内敛，取消了跳灯，车顶也改用手动软篷替代T-Bar结构，使整车分量降至970kg，比第二代轻了约230kg。

  内饰方面着重简练有用，最明显的特征是两个运动型桶椅。规范装备包含：白底三环寒光仪表盘、方向盘换挡按钮、手动空调、2DIN音响主机、铝合金油门/刹车/离合器踏板、电动车窗、金属排挡杆头（仅自动挡）、电动折叠后视镜以及小型液压助力转向体系（EHPS）。别的，厂家还为车主供给了可拆卸的FRP硬顶选配。

  动力体系选用代号1ZZ-FE的1794cc直列四缸DOHC VVT-i喷发发动机，最大输出功率为140hp，峰值扭矩17.4kgm。初期装备五速手动变速箱，2000年8月追加了五速序列式手自一体变速箱，2002年小改款时晋级为六速序列式手自一体变速箱。这些改善让最小转弯半径仅为5.0米的MR-S驾驭趣味更上一层楼，均匀油耗到达14.0km/L。底盘选用前后麦弗逊式独立悬挂。

  2002年的小改款对前保险杠进气口造型进行了优化，并增加了两边雾灯，尾灯改为双圆柱规划，全体外观更显精美。轮胎标准也早年185/55R15、后205/50R15晋级为前205/50R15、后215/45R16。2006年11月推出定量1000台的MR-S Final Version终极版，选用赤色真皮内饰、座椅和软篷，显示其独特性。

  MR-S是1984年上市的MR-2第三代车型，也是日本仅有的中置引擎后轮驱动敞篷小跑车。该车上市时正值日本经济泡沫前期，其时顾客购买跑车就像买一般家用车相同轻松。但随着经济泡沫决裂、消费观念改动和SUV潮流鼓起，敞篷跑车渐渐的变成为车企的担负。终究，MR-S在2007年7月推出定量Final Version后正式停产。